Obveščevalne agencije zaveznikov v drugi svetovni vojni so bile vrsto let prepričane, da je pobegnil, saj naj bi ga med drugim leta 1949 videli na Češkoslovaškem. A pojavili so se novi dokazi, ki namigujejo, da je bil Müller po vsej verjetnosti ubit v zadnjih napadih Rdeče armade na Berlin leta 1945.

Johannes Tuchel, vodja Muzeja nemškega upora, je za Bild povedal, da so arhivski dokumenti pokazali, da so med odpravljanjem posledic bombardiranja Berlina avgusta 1945 odkrili Müllerjevo truplo v improviziranemu grobu blizu nemškega letalskega ministrstva, nato pa so njegove ostanke preselili v množičen grob na judovskem pokopališču.

Müller in njegova tajna policija Gestapo sta bila ključna pri izvedbi holokavsta, načrtnega iztrebljanja Judov, ki je zahtevalo približno šest milijonov žrtev med drugo svetovno vojno.