V fantazijskem svetu režiserja Tima Burtona, v kultnem filmu Beetlejuice iz leta 1989, je Winona naredila svoj veliki preboj. Vloga odmaknjene in rahlo ekscentrične Lydie Deetz, ki ji je bila sicer pisana na kožo, pa ji je kasneje povzročala težave, saj je vodje kastingov nekako niso znali videti v nobeni drugi vlogi, kot v vlogah "čudakinj ali avtsajderk".
Po Beetlejuiceu je Winona pokazala zanimanje za vlogo Veronice Sawyer, protagonistke črne komedije Heathers, v kateri so zaigrali tudi Christian Slater, Shannen Doherty, Lisanne Falk, Kim Walker in Penelope Milford. Film Heathers spremlja tri priljubljene srednješolke - Heather Chandler (Walker), Heather Duke (Doherty), Heather McNamara (Falk) - in njihovo novo prijateljico Veronico (Ryder). Ker jo Heatherovi ves čas izkoriščajo, Veronica pogreša svoje staro življenje in dobre prijatelje. Ko pa se v šoli pojavi novi učenec, JD Dean (Slater), se Veronica prične združi z njim, da bi naredila konec tiraniji priljubljenih sošolcev.
Zloglasni sestanek s producenti
"Scenarij za Heathers sem dobila od Michaela McDowa, s katerim sva takrat prijateljevala, in zdel se mi je res sijajen. Imela sem srečo, da sem ga lahko prebrala med prvimi", se spominja Winona. "Uspelo mi je urediti sestanek s producenti. A menili so, da nisem dovolj lepa za to vlogo, saj so me poznali kot 'tisto čudno punco iz Beetlejuice'".
Ryderjeva je kritiko sprejela, saj tega ni slišala prvič. Po tem sestanku pa se je mlada igralka odločila ukrepati. Odšla je v nakupovalno središče čez cesto in prodajalke v drogeriji prosila, naj jo naličijo. Nato se je vrnila v pisarno, in zbranim rekla: "Ničesar mi ni potrebno plačati za tale poskus, ampak želela sem samo, da vidite tole."
Vlogo je nato dobila, ostalo pa je zgodovina. Komedija Heathers še danes velja za enega najboljših najstniških filmov vseh časov in ima kultni status.
