Pripadnika tedanje specialne brigade Moris Darko Njavro in Robert Suhadolnik ter pripadnika varnostnega organa ministrstva za obrambo Simon Krejan in Andrej Podbregar so v večernih urah 20. marca 1994 pri Depali vasi med Domžalami in Trzinom aretirali civilista, sicer tajnega policijskega sodelavca Milana Smolnikarja. Odpeljali so ga na sedež vojaške obveščevalne službe. Obrambno ministrstvo, ki ga je vodil Janez Janša, je dan po tem pojasnilo, da je bil Smolnikar, sicer bivši uslužbenec tega ministrstva in bivši pripadnik Morisa, utemeljeno osumljen storitve kaznivega dejanja izdaje vojaške tajnosti.
Tedanji premier Janez Drnovšek je preiskovanje ravnanj pripadnikov varnostnega organa ministrstva za obrambo poveril posebni komisiji, ki je ocenila, da so prekoračili pooblastila. Drnovšek je naslednji dan državnemu zboru predlagal, naj Janšo razreši z ministrskega položaja. Pojasnil je, da je skupaj z ministri in zunanjimi pravnimi strokovnjaki ugotovil, da je šlo v primeru Smolnikar za vojaški poseg v civilno sfero. Janša je očitke zavrnil in ocenil, da je vladna komisija le krinka za že dolgo pred tem sprejeto odločitev o njegovi zamenjavi, za katero je verjel, da je politično motivirana. Smolnikar po tedanjih Janševih navedbah namreč ni bil navaden civilist, ampak je sodeloval s pripadniki notranjega ministrstva.
Po maratonski izredni seji je državni zbor 29. marca 1994 v zgodnjih jutranjih urah Janšo razrešil in za njegovega naslednika imenoval Jelka Kacina. Janševa Socialdemokratska stranka Slovenije, danes Slovenska demokratska stranka - SDS, se je zaradi tega umaknila v opozicijo. Janša je bil prvi minister, ki ga je razrešil državni zbor.
Aretacija Smolnikarja, ki je po prijetju pristal v bolnišnici, je v javnosti sprožila proteste zaradi domnevnega vmešavanja vojske v civilno sfero. Na drugi strani je Janševa razrešitev na ulice pognala njegove privržence. Afera Depala vas je tako poglobila politične delitve v državi, pa tudi nesoglasja med Janšo in tedanjim predsednikom republike Milanom Kučanom, ki je bil po Janševem mnenju v ozadju afere.
Afera Depala vas je sicer prišla na sodišče leta 2001. Sodbo je doživela leta 2003, ko je sodišče Njavra, Suhadolnika, Krejana in Podbregarja oprostilo očitkov, da naj bi Smolnikarju prostost odvzeli na grozovit način. Četverica je bila z izrekom sodbe zadovoljna, ne pa tudi z njeno obrazložitvijo, po kateri so Smolnikarja aretirali na protipraven način. Zadeva je 20. marca 2004 absolutno zastarala in primer se je končal brez pravnomočne sodbe
