Po koncu druge svetovne vojne je Rupnik skupaj z domobranci in vojaki nacistične Nemčije pobegnil v Avstrijo in se predal Britancem, ti pa so ga v začetku leta 1946 vrnili v Jugoslavijo. Nato je bil pred vojaškim sodiščem po tedanjem zakonu o kaznivih dejanjih zoper ljudstvo in državo kot vodja slovenskih domobrancev s še nekaterimi sooboženimi po koncu druge svetovne vojne obsojen zaradi izdaje in sodelovanja z okupatorjem po enajstih točkah obtožnice.
Rupnika so zaradi izdaje in kolaboracije septembra 1946 usmrtili pod Golovcem.
Sodbo je dan po izreku sodbe vojaškega sodišča potrdilo Vrhovno sodišče Jugoslovanske armade, prošnja za pomilostitev je bila 2. septembra zavrnjena in kazen izvršena.
Eden izmed Rupnikovih potomcev, domnevno naj bi šlo za vnuka, je preko pooblaščenke zoper sodbo vojaškega sodišča vložil zahtevo za varstvo zakonitosti. Temu je vrhovno sodišče ugodilo in pravnomočno sodbo v delu, ki se nanaša na Leona Rupnika, razveljavilo, ter zadevo vrnilo v odločanje Okrožnemu sodišču v Ljubljani v novo sojenje.
Vrhovno sodišče je odločilo, da Rupnikova obsodba ni bila v skladu s tedanjimi pravnimi načeli, vrhovni sodniki pa so jo v razveljavili, saj pri petih dejanjih niso bila z dejstvi in okoliščinami utemeljena vsa ravnanja, ki predstavljajo kaznivo dejanje, za katero je bil Rupnik obsojen. Za eno od dejanj je sodišče ugotovilo, da ne izpolnjuje znakov kaznivega dejanja.
