Roof je v sredo zvečer vstopil v zgodovinsko cerkev Emanuel African Methodist Episcopal (AME)v Charlestonu in več kot uro sodeloval na molitvenem srečanju, kjer so študirali besedilo svetega pisma. Nato je potegnil pištolo in začel pobijati. Med žrtvami je tudi 41-letni pastor cerkve in državni senator Južne Karoline Clementa Pickney.
Morilec je pištolo večkrat napolnil in ko je končal, je pobegnil s svojim vozilom znamke hyundai. Preživele priče pravijo, da je morilec govoril o temnopoltih kot zločincih, ki so prevzeli ZDA, on pa bo državo vrnil v prave roke. Priče prav tako pravijo, da je prišel pobijat temnopolte.
Za njim so se pognali državni in lokalni ter zvezni policisti. Zvezno pravosodno ministrstvo je sprožilo tudi preiskavo zaradi zločina iz sovraštva, ki pa v tem primeru ne bo potrebna, saj ni nobenega dvoma, da bo Roof doživel pravično kazen tudi v državi Južna Karolina, ki ima sicer dolgo rasistično zgodovino.
Zločin je bil izvršen v cerkvi, katere zgodovina sega v leto 1816. Eden od ustanoviteljev Denmark Vesey je leta 1822 skušal organizirati upor sužnjev, zaradi česar so belci požgali cerkev. Farani so potem častili boga na skrivaj vse do državljanske vojne.
Nekateri konservativni komentatorji sicer izkoriščajo priložnost in govorijo o tem, da je Roof streljal iz sovraštva do krščanske vere. Vendar pa že njegova fotografija na družabni spletni strani Facebook govori drugo resnico. Na fotografiji je "olepšan" z rasističnimi simboli Južne Afrike iz časa rasističnega sistema apartheid.
Napad na temnopolto cerkev sicer ne bi smel presenetiti nikogar, saj med belimi Američani vse od izvolitve prvega temnopoltega predsednika ZDA Baracka Obame vlada močna paranoja, podobna tisti okrog terorizma. Beli rasisti so prepričani, da prihaja konec sveta, če je lahko temnopolt človek izvoljen za predsednika. Olje na ogenj prilivajo konservativni mediji, ki trdijo, da bo Obama belcem pobral orožje in podobno.