Kek je svojo poklicno kariero začel v NK Maribor leta 1979, leta 1984 pa se je preselil v avstrijski klub SV Spittal/Drau. Po štirih letih se je preselil k še enemu avstrijskemu klubu, Grazer AK. Tam je igral naslednjih pet let, do leta 1995, ko se je za zadnjih pet let svoje kariere vrnil k NK Maribor, kjer je osvojil tri naslove državnega prvaka. Večino kariere je odigral v obrambi, še posebej na osrednjem branilskem položaju. Bil je znan po svojem močnem strelu z razdalje in svojih vodstvenih sposobnostih.
Matjaž Kek je diplomiral na fakulteti za šport in je ob Srečku Katancu edini slovenski selektor, ki je tudi zaigral za slovensko reprezentanco.
Po koncu kariere je Kek ostal v NK Maribor, kjer je bil leto dni pomočnik trenerja, leta 2000 pa je bil imenovan za glavnega trenerja. Leta 2006 je bil selektor reprezentanc do 15. in 16. leta. V kvalifikacijah za svetovno prvenstvo 2010 je Slovenijo popeljal do dodatnih kvalifikacij, v katerih je premagala Rusijo in se uvrstila na svetovno prvenstvo v JAR 2010. S trenerskim delom se je začel ukvarjati leta 1999, ko se je NK Maribor uvrstil v ligo prvakov. Sprva je v Mariboru deloval kot pomočnik trenerja Bojana Prašnikarja, že v sezoni 2001/02 pa je kot glavni trener postal državni prvak. V dodatnih kvalifikacijah za svetovno prvenstvo 2010 je Slovenijo po zmagi nad Rusijo popeljal na svetovno prvenstvo 2010, kjer je na prvi tekmi v predtekmovalni skupini C premagala Alžirijo z 1:0 in dosegla prvo zmago na velikih tekmovanjih.
