Ministrstvo ni zagotovilo potrebnih in ustreznih strokovnih ter pravnih podlag za upravljanje pristaniške infrastrukture, saj ni predlagalo sprememb in dopolnitev Uredbe o upravljanju koprskega tovornega pristanišča, opravljanju pristaniške dejavnosti, podelitvi koncesije za upravljanje, vodenje, razvoj in redno vzdrževanje pristaniške infrastrukture v tem pristanišču (v nadaljevanju: koncesijski akt), s čimer bi odpravilo njeno neskladnost s predpisi. Prav tako ni predlagalo aneksa oziroma sprememb koncesijske pogodbe, s katerimi bi odpravilo njeno neskladnost s koncesijskim aktom in ostalimi predpisi. Ministrstvu še vedno ni uspelo zemljiškoknjižno urediti zemljišč, ki so bila s koncesijsko pogodbo dana v upravljanje Luki Koper, saj so lastniki zemljišč na koncesijskem območju poleg Republike Slovenije tako Luka Koper in Mestna občina Koper kakor tudi druge pravne in fizične osebe. Kljub temu da je Republika Slovenija na podlagi sklepa Vlade Republike Slovenije lastnica več zemljišč, ministrstvo še vedno nima evidentiranih teh zemljišč v svojih poslovnih knjigah. Ministrstvo ni izvedlo vseh upravnih nalog v zvezi z upravljanjem pristanišča, in sicer ni sprejelo pristaniškega reda in ni predpisalo pogojev za uporabo pristanišča pri opravljanju drugih pristaniških in gospodarskih dejavnosti. Do konca leta 2016 ni predlagalo Vladi Republike Slovenije izvedbe javnega razpisa za podelitev koncesije gospodarske javne službe zbiranja odpadkov s plovil in za podelitev koncesije gospodarske javne službe vzdrževanja vodnih in priobalnih zemljišč morja. Z družbo Petrol, d. d. ni uredilo razmerij glede izvajanja storitev pretovora naftnih derivatov, ki so po 10. členu Uredbe o upravljanju koprskega tovornega pristanišča, opravljanju pristaniške dejavnosti, podelitvi koncesije za upravljanje, vodenje, razvoj in redno vzdrževanje pristaniške infrastrukture v tem pristanišču in točki 5.2 koncesijske pogodbe, sklenjene med Republiko Slovenijo kot koncedentom in Luko Koper kot koncesionarjem za opravljanje pristaniških dejavnosti, vodenje, razvoj in redno vzdrževanje pristaniške infrastrukture na območju koprskega tovornega pristanišča, predmet izključne pravice in so s koncesijsko pogodbo podeljene samo Luki Koper.
Ministrstvo ni ustrezno pregledovalo in potrdilo dokumentov, ki se nanašajo na investicije in vzdrževanje pristaniške infrastrukture. Ministrstvo je dalo soglasje na program izvedbe infrastrukturne ureditve, ki za 340 tisoč evrov presega znesek, določen v času izdaje soglasja k veljavnemu programu razvoja pristanišča. Ministrstvo ni pozvalo Luke Koper k predložitvi načrtov tekočega in investicijskega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, ki ni namenjena za javni promet, ki jih Luka Koper ni predložila. Zaradi navedenega ministrstvo kljub obveznosti izdaje soglasja tega ni dalo. Za leti 2014 in 2015 ni potrdilo poročil Luke Koper o realizaciji načrtov rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, saj se ni strinjalo s pojasnili Luke Koper o nizki realizaciji načrtov.
Ministrstvo je določilo in zaračunalo koncesijsko dajatev v skladu s koncesijsko pogodbo, vendar pa je pri izračunu upoštevalo zgolj prihodke Luke Koper, ne pa tudi prihodkov družbe Luka Koper INPO, d. o. o., ki je izvajala storitve privezovanja, odvezovanja in premika ladij ter gospodarsko javno službo zbiranja odpadkov s plovil v svojem imenu in za svoj račun in ne za račun Luke Koper, zaradi česar je v letih 2015 in 2016 zaračunalo za 298.175 evrov prenizko koncesijsko dajatev. Z družbo Petrol, d. d. ni uredilo razmerij glede izvajanja storitev pretovora naftnih derivatov, zato je bila Republika Slovenija prikrajšana pri zaračunani koncesijski dajatvi. Ministrstvo ni ugotavljalo, ali znesek koncesijske dajatve vključuje vse s koncesijsko pogodbo pridobljene pravice Luke Koper.
Ministrstvo ni spremljalo izvajanja koncesijske pogodbe in ni ukrepalo, če in ko je bilo potrebno, saj Luke Koper ni pozvalo k predložitvi načrtov in poročil o realizaciji načrtov rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, ki ni namenjena za javni promet. Kljub opozorilu uprave o neustreznosti sodil za ločeno spremljanje dejavnosti gospodarske javne službe rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, teh ni pregledalo in preverilo njihove ustreznosti.
Računsko sodišče je ugotovilo, da je bilo poslovanje Luke Koper pri upravljanju pristaniške infrastrukture delno učinkovito.
Luka Koper pri vodenju pristanišča, razvoju in vzdrževanju pristaniške infrastrukture ni bila učinkovita. Luka Koper je investicije v pristaniško infrastrukturo v strategiji načrtovala v manjšem ali večjem znesku, kot je bila načrtovana njihova vrednost v strateških dokumentih Republike Slovenije. Luka Koper je storitve privezovanja, odvezovanja in premika ladij, ki predstavljajo pristaniške dejavnosti in izključno pravico oziroma dolžnost po koncesijski pogodbi, prenesla na Luko Koper INPO, d. o. o., ki je te naloge opravljala v svojem imenu in za svoj račun in ne za račun Luke Koper. Luka Koper ni obvestila uprave o pridobitvi izpolnitvenega pomočnika Luka Koper INPO, d. o. o. in nanjo brez soglasja ministrstva prenesla gospodarsko javno službo rednega zbiranja odpadkov s plovil. S tem se je izognila tudi upoštevanju določb Zakona o preglednosti finančnih odnosov in ločenem evidentiranju različnih dejavnosti. Čeprav je bila seznanjena, da pravni položaj družbe Petrol, d. d. v koprskem tovornem pristanišču ni urejen, je v program razvoja pristanišča 2016–2020 vključila načrtovano investicijo izgradnje novega priveznega mesta za tankerje zahodno od zaključka Pomola II v znesku 24.750 tisoč evrov. Izvedla je investicijo v pristaniško infrastrukturo v znesku 489.886 evrov, čeprav ni predhodno pridobila soglasja ministrstva, niti ta investicija ni bila načrtovana v takrat veljavnem programu razvoja pristanišča. V letu 2015 je izvedla le 42 odstotkov v letnih načrtih načrtovanega rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, v letu 2016 pa 59 odstotkov. Brez postopkov javnega naročanja je izvedla investicije v pristaniško infrastrukturo, ki ni namenjena za javni promet, vsaj v znesku 17.362.915 evrov, za kar ni imela pravne podlage v zakonodaji o javnem naročanju. Luka Koper je z družbo Luka Koper INPO, d. o. o. neposredno sklenila pogodbo, s katero je nanjo trajno prenesla večje število različnih vzdrževalnih del, pri čemer iz pogodbe ne izhaja opredelitev skupnega obsega oziroma vrednosti teh del. Zato ni mogla ugotavljati, ali so presežene mejne vrednosti za uporabo veljavnih predpisov o javnem naročanju in ali lahko uporabi katero od izjem od javnega naročanja. Luka Koper bi posamezne posle vzdrževanja pristaniške infrastrukture lahko neposredno prenesla na Luko Koper INPO, d. o. o. le v primeru, če bi bili izpolnjeni pogoji za katero od izjem od javnega naročanja v skladu z Zakonom o javnem naročanju na vodnem, energetskem, transportnem področju in področju poštnih storitev, in bi izkazala, da je preverjala izpolnjevanje pogojev za uporabo te izjeme.
Luka Koper je za spremljanje dejavnosti gospodarske javne službe rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, vodila poslovne knjige skladno z Zakonom o preglednosti finančnih odnosov in ločenem evidentiranju različnih dejavnosti. Vodila je ločene računovodske evidence in za ugotavljanje posrednih stroškov gospodarske javne službe rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, uporabljala sodila, ki jih je vsako leto preveril revizor računovodskih izkazov in na katera je že leta 2011 dalo soglasje takrat pristojno Ministrstvo za promet. Luka Koper ni vodila ločenih računovodskih evidenc za spremljanje dejavnosti gospodarske javne službe zbiranja odpadkov s plovil, ker je to gospodarsko javno službo opravljala Luka Koper INPO, d. o. o. in ne Luka Koper.
Luka Koper je koncesijsko dajatev plačala ter pristaniške pristojbine zaračunala in porabila v skladu s koncesijsko pogodbo. Koncesijsko dajatev je plačevala v zneskih, ki so bili določeni v odločbah ministrstva. Pristaniške pristojbine pa je zaračunavala skladno s potrjenimi ceniki ministrstva. V letih 2015 in 2016 je ustvarila presežek prihodkov nad odhodki izvajanja gospodarske javne službe rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, in v njegovi višini v skladu s koncesijsko pogodbo oblikovala dolgoročno razmejene prihodke za stroške gospodarske javne službe rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture v prihodnjih letih, ki na dan 31. 12. 2016 znašajo 7.987.214 evrov. V letu 2015 je od 7.515.288 evrov zaračunanih pristaniških pristojbin za redno vzdrževanje pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, namenila 2.180.054 evrov sredstev, v letu 2016 pa je od obračunanih 8.040.287 evrov pristaniških pristojbin za redno vzdrževanje pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, namenila 3.555.986 evrov. Sredstva rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, znašajo glede na prihodke iz pristaniških pristojbin, ki so namenjene gospodarski javni službi rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, 44,2 odstotka v letu 2016, kar pomeni, da je bilo v letu 2016 več kot 55 odstotkov sredstev iz pristaniških pristojbin, ki prestavljajo javno dajatev, namenjenih drugim stroškom, nastalih z opravljanjem gospodarske javne službe.
Luka Koper ni poročala o upravljanju pristaniške infrastrukture v skladu s koncesijskim aktom. Upravi ni predložila načrtov rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, ki ni namenjena javnemu prometu, ter poročil o realizaciji načrtov rednega vzdrževanja pristaniške infrastrukture, ki ni namenjena javnemu prometu. Ministrstvu je poročala o izpolnjevanju obveznosti iz koncesijske pogodbe le enkrat letno, čeprav koncesijski akt predpisuje pisno poročanje o izpolnjevanju obveznosti iz koncesijske pogodbe dvakrat letno.
Računsko sodišče je ugotovilo, da je bilo poslovanje uprave pri izvajanju nadzora nad upravljanjem pristaniške infrastrukture na območju koprskega tovornega pristanišča učinkovito.
Uprava je vzpostavila pogoje za izvajanje nadzora nad upravljanjem pristaniške infrastrukture, saj je sodelovala pri vzpostavitvi evidenc pristaniške infrastrukture in pri usklajevanju podatkov med Luko Koper in ministrstvom glede vrednosti vlaganj Luke Koper v razvoj pristaniške infrastrukture in v investicijsko vzdrževanje pristaniške infrastrukture. Evidenca pristaniške infrastrukture, ki jo vodi uprava, je nepopolna, saj prevzemni zapisnik pristaniške infrastrukture med Republiko Slovenijo in Luko Koper do konca leta 2016 še vedno ni bil sprejet za vso pristaniško infrastrukturo. Zato uprava ne razpolaga s točnimi podatki o neamortizirani vrednosti vlaganj v razvoj pristaniške infrastrukture na dan 31. 12. 2016. Uprava je za leti 2015 in 2016 razpolagala z letnimi načrti in poročili Luke Koper o tekočem in investicijskem vzdrževanju pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, ne pa tudi z letnimi načrti in poročili Luke Koper o tekočem in investicijskem vzdrževanju pristaniške infrastrukture, ki ni namenjena za javni promet, saj ji jih Luka Koper ni predložila.
Uprava je opravljala nadzor nad izvajanjem koncesijske pogodbe v Luki Koper. Opravila je nadzor nad vodenjem pristanišča, nadzor nad tekočim in investicijskim vzdrževanjem pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet, nadzor nad rednim vzdrževanjem akvatorija in nadzor nad skladnostjo zaračunanih pristaniških pristojbin s cenikom pristaniških pristojbin. Seznanjena je bila s sodili za razporejanje stroškov po posameznih dejavnostih, ki jih je Luka Koper uporabljala v letih 2015 in 2016 in o njihovi neustreznosti opozorila ministrstvo.
Uprava je v primeru ugotovljenega neustreznega izvajanja koncesijske pogodbe ukrepala, tako da je Luko Koper in ministrstvo opozorila na neustrezno uvrstitev določenih objektov med pristaniško infrastrukturo, namenjeno za javni promet, v predložene načrte Luke Koper in na nizko realizacijo vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet. Poleg tega je Luko Koper opozorila, da so poročila o opravljenih delih pomanjkljiva in da naj Luka Koper zagotovi boljši nadzor nad izvajanjem del vzdrževanja pristaniške infrastrukture, namenjene za javni promet. Uprava je Luki Koper podala priporočila za izboljšanje izvajanja koncesijske pogodbe, ni pa o svojih ugotovitvah glede opravljenih nadzorov obvestila ministrstva, saj ji koncesijski akt in koncesijska pogodba ne nalagata te obveznosti.
