Oceno organizacije Amnesty International so s precejšnjo mero skepticizma sprejeli v krogih IT strokovnjakov, nekateri od njih pa opozarjajo, da uporaba teh dveh platform morda le ni tako varna.
Organizacija Electronic Frontier Foundation uporabnike celo opozarja, da naj bodo izjemno pazljivi, če WhatsApp uporabljajo za občutljive pogovore, ker naj bi obstajala bojazen, da jih lahko preberejo tudi tretje osebe.
Nedavno so bili zelo kritični tudi do WhatsAppove politike varovanja zasebnosti, ko so ti napovedali, da bodo Facebooku začeli posredovati podatke o svojih uporabnikih. To bi pomenilo, da bodo informacije, ki sicer ne bodo vključevale vsebine pogovorov, posredovali svoji matični družbi, ki jih bo posledično uporabljala za boljšo ciljno naravnanost svojih oglasov.
Opozorili so še na vrsto drugih z varnostjo povezanih težav. Med drugim platformi WhatsApp očitajo po njihovem mnenju sporen način šifriranja, ki ga uporablja za izboljšanje uporabniške izkušnje.
Organizacija Electronic Frontier Foundation WhatsAppu predlaga, da naj podrobneje pojasni, katere informacije bodo posredovali svojemu matičnemu podjetju, uporabnike pa opozarja, da naj bodo pred temi pojasnili zelo pazljivi, ko se odločajo za komunikacijo prek te platforme.
