Darko Muženič je vodenje NPU kot vršilec dolžnosti znova prevzel konec julija, potem ko je bil na njegovo čelo imenovan junija 2019 pod tedanjim notranjim ministrom Boštjanom Poklukarjem oz. generalno direktorico policije Tatjano Bobnar. Po menjavi oblasti je bil maja 2020 s položaja razrešen, upravno in vrhovno sodišče pa sta kasneje presodila, da je bila ta razrešitev nezakonita.
Muženiča je s položaja razrešil tedanji generalni direktor policije Anton Travner, ki je kmalu zamenjal tudi večino policijskega vodstvenega kadra. Položaj direktorja NPU je nekoliko bolj zaščiten, zato ga Travner ni mogel menjati takoj, temveč ga je sprva skušal pregovoriti, da s položaja odstopi in mu ponudil dobro plačano konzularno službo v tujini, piše Dnevnik. Muženič je ponudbo zavrnil, Travner pa ga je razrešil po določilih, ki za direktorja NPU sploh niso veljala. Kasneje je bil premeščen v t. i. "kazenski odred" v Tacnu.
Po poročanju Dnevnika Muženič uživa visoko zaupanje predsednika vlade Roberta Goloba. Zanj se je Golob še kot mandatar osebno zavzel na sestanku s tedanjima kandidatoma za notranjo ministrico Tatjano Bobnar in za generalnega direktorja policije Boštjana Lindava, kar je v poročilu o političnih pritiskih na policijo razkril slednji. Vodenje NPU po pooblastilu je Muženič znova prevzel julija lani.
Muženič naj bi bil dobro zapisan tudi pri notranjem ministru Boštjanu Poklukarju, z vršilcem dolžnosti generalnega direktorja policije Senadom Jušićem pa prijateljujeta še iz časov, ko sta skupaj službovala v Kopru, še piše Dnevnik. Kot najverjetnejšega kandidata za generalnega direktorja policije se ga je omenjalo po zamenjavi Lindava, še danes pa gre po oceni Dnevnika za trenutno najvplivnejšega policista v državi.
"V skladu s sklenjeno sodno poravnavo, ki predstavlja izvršilni naslov, delodajalec pripravlja za Darka Muženiča tudi vse potrebne pravne akte, iz katerih bo med drugim razvidna tudi njegova nedvoumna vrnitev na delovno mesto direktorja NPU," so na vprašanje STA odgovorili na Generalni policijski upravi. Dodali so, da okoliščina sproženih delovnopravnih sporov v zvezi s premestitvijo ne vpliva na obdobje mandata določenega v pogodbi o zaposlitvi. To pomeni, da se Muženiču petletni mandat na čelu NPU izteče 31. maja 2024.
Zoper Muženiča je sicer marca lani urad za preprečevanje pranja denarja pod vodstvom Damjana Žuglja vložil kazensko ovadbo. Evropsko javno tožilstvo pa je novembra sprejelo sklep, da se kazenska ovadba zavrže, saj ni podajala utemeljenega suma.