V Novi Sloveniji se Bajuka spominjajo kot velikega človeka in humanista, ki je z ustanovitvijo Nove Slovenije botroval ohranitvi krščanske demokracije v Sloveniji. Kot finančni minister je sprejel pomembne ukrepe, ki so pripomogli k razvoju Slovenije ter blaginji državljank in državljanov, je zapisano na spletni strani NSi. V spomin na nekdanjega predsednika so leto dni po njegovi smrti v NSi vsakoletni poletni tabor poimenovali po njem.
NSi iz razkola na desnici
Leta 2000 je Andrej Bajuk vodil vlado, v vladi Janeza Janše pa je bil minister za finance. Leta 2008 se je po izpadu NSi iz parlamenta na volitvah umaknil z vrha stranke in iz aktivne politike. Do neke mere nosi tudi odgovornost za razkol na desnici in še vedno aktualno identitetno krizo stranke NSi.
Na prelomu tisočletja je med vodenjem vlade izstopil iz stranke SKD + SLS, ker se ni strinjal s predlogom spremembe volilnega sistema. Tedaj se je strinjal s prvakom SDS, da Slovenija potrebuje večinski volilni sistem, njegova stranka pa je podprla liberalce in uzakonila proporcionalni volilni sistem.
