Kovačič je svojo kariero začel kot farmacevt v lekarni. Leta 1962 je postal predsednik slovenskih farmacevtov, dve leti kasneje pa tudi predsednik jugoslovanske zveze farmacevtov.
V novoustanovljenem podjetju Farmis, ki je združevalo Lek in Krko, se je lotil zunanje trgovine in poskrbel za velik porast prihodkov. Podjetje je z njegovo pomočjo prodrlo na tuje trge, med drugim v Indijo, Kitajsko, afriške države in ostale.
Leta 1964 je postal komercialni direktor Krke, leta 1985 pa prevzel funkcijo generalnega direktorja Krke. To je vodil vse do leta 2005, ko se je predčasno umaknil s položaja predsednika uprave in zasedel mesto svetovalca uprave, vajeti družbe pa je prevzel Jože Colarič, ki Krko vodi še danes.
Kovačič je za svoje delo prejel številna priznanja, med drugim trikrat nagrado Gospodarske zbornice Slovenije za poslovne dosežke in priznanje za managerja leta. Leta 2002 ga je takratni predsednik republike Milan Kučan odlikoval s častnim znakom svobode, leta 2004 pa mu je ruski predsednik Vladimir Putin izročil odlikovanje orden prijateljstva za zasluge pri krepitvi gospodarskih in prijateljskih vezi med obema državama.
Bil je tudi član nadzornih svetov v nekaterih slovenskih družbah, vrsto let pa je bil tudi aktiven v družbeno-političnem življenju in funkcionar na odgovornih mestih v športnih organizacijah.
Združenje Manager je konec leta 2004 Kovačiču za izjemne dosežke na področju menedžmenta podelilo priznanje za življenjsko delo.