Vlada Janeza Janše je tik pred zaključkom mandata spomladi 2008 ustanovila Študijski center za narodno spravo. Kot je mogoče prebrati iz sklepa o ustanovitvi zavoda, ki je bil objavljen v Uradnem listu, je vlada študijski center za narodno spravo ustanovila z namenom, »da s proučevanjem kršenja temeljnih človekovih pravic in svoboščin, ki so jih povzročili totalitarni režimi na Slovenskem v 20. stoletju, omogoča osnovo za popravo krivic ter s tem ustvarja možnosti za skladen civilizacijski in kulturni razvoj Slovenije.«
A že od ustanovitve ta zavod buri duhove tako strokovne kot politične javnosti. Nekateri zgodovinarji in kritična javnosti so Janši in stranki SDS očitali, da je Študijski center za narodno spravo le podaljšek njihove stranke in da je urejen tako, da ga velikodušno financira država. Zadnjemu ni mogoče oporekati, saj je študijski center za plače zaposlenih in raziskovalno dejavnost od leta 2008 do danes od Ministrstva za pravosodje in Javne agencije za raziskovalno dejavnost prejel dobra 2,7 milijona evrov, kar je za raziskovalno ustanovo velika vsota denarja.
Toda Študijski center za narodno spravo, ki naj bi proučeval zločine vseh totalitarizmov, se je v zadnjih letih »specializiral« skoraj izključno za preučevanje komunističnih zločinov v obdobju med in po drugi svetovni vojni na območju Slovenije.
Njihovi pogledi in izsledki na ta krvavi čas so v teh letih dodobra razburili ne samo strokovno javnost, ampak tudi Slovenke in Slovence na splošno. Ena od takih afer je izbruhnila leta 2011. Tistega leta je Evropska komisija naročila študijo o razmerah v državah glede zavesti o zločinih, ki so jih zagrešili totalitarni režimi. Študijo je izvedel španski inštitut za javno dobro. V sklopu raziskave je španski inštitut za pripombe, popravke in dopolnitve zaprosil vse države članice. Pri nas je pravosodno ministrstvo za odziv določilo Študijski center za narodno spravo. Strokovna komisija je Evropski komisiji poslala sledeči odgovor: »Na univerzah še vedno predavajo zgodovinarji, ki so delovali kot orodje komunistične partije, tako denimo v zgodovinski komisiji Centralnega komiteja KP, oziroma taki, ki zagovarjajo le nekoliko modificirano zgodovinopisje prejšnjega režima. Ti seveda vzgajajo učitelje oziroma profesorje (poveličevanje NOB, zanikanje komunističnih zločinov med drugo svetovno vojno itd.),« kar je dodobra razburkalo slovensko zgodovinsko javnost. Zgodovinar Božo Repe je dejal, da za besedami »še vedno predavajo« skrit poziv k lustraciji in da ni težko ugotoviti, na katere profesorje letijo kritike.
Zanimivo je tudi pogledati, kako je direktorica centra Andreja Valič Zver prišla do svojega drugega mandata. Njen petletni mandat bi namreč moral poteči 5. novembra 2013. Toda Študijski center za narodno spravo je razpis za delovno mesto direktorja razpisal že 7. februarja 2013. Dva tedna pozneje, točneje 25. februarja, je svet zavoda obravnaval prispele vloge in še isti dan je vlada, in to le dva dni preden je začela opravljati tekoče posle, že soglašala, da se Andreji Valič Zver podeli nov petletni mandat.
Zaradi vseh afer in dogodkov je več ljudi dobilo občutek, da študijski center ločuje in ne spravlja, kar je pred leti že dejala Spomenka Hribar, ki je med prvimi v slovenskem prostoru spregovorila o temačnem obdobju povojnih pobojev.
