Institut je javnim uslužbencem izplačal najmanj za 27.421 evrov previsoke in za 3023 evrov prenizke plače. V nasprotju z zakonodajo je javnim uslužbencem tudi plačal premije prostovoljnega dodatnega pokojninskega zavarovanja v znesku 456.057 evrov, kolektivnega nezgodnega zavarovanja v znesku 17.979 evrov in osebnih zavarovanj v znesku 19.022 evrov.
Prav tako so na institutu z javnimi uslužbenci sklepali pogodbe za določen čas, kar je v nasprotju z zakonom o raziskovalni in razvojni dejavnosti.
Pri nabavi materiala in storitev v znesku 3.283.196 evrov in osnovnih sredstev v znesku 448.784 evrov IJS ni ravnal v skladu s predpisi s področja javnega naročanja, z dobavitelji blaga in storitev v vrednosti 73.212 evrov in osnovnih sredstev v vrednosti 105.064 evrov pa ni sklenil pogodb, ugotavlja računsko sodišče.
Institut tudi ni bremenil uporabnikov plačilnih kartic za nedokumentirano oziroma neustrezno dokumentirano porabo. Pri oddaji prostorov, oddajanju stanovanja nekdanjemu zaposlenemu in pri kritju najemnine predavatelju iz tujine ni ravnal v skladu z zakonom o stvarnem premoženju države, pokrajin in občin. Poleg tega je IJS v letu 2009 financiral delovanje Mednarodne podiplomske šole Jožefa Stefana v znesku 598.248 evrov na podlagi dogovora o sodelovanju, ne da bi imel za sklenitev dogovora ustrezno pravno podlago.
Kot so v mnenju zapisali na računskem sodišču, institut med revizijskim postopkom ni odpravil vseh ugotovljenih nepravilnosti. Računsko sodišče zato zahteva predložitev odzivnega poročila, v katerem mora IJS izkazati ukrepe za odpravo nepravilnosti.
