Tožilstvo Ponikvarju očita storitev kaznivega dejanja ogrožanja posebnih vrst javnega prometa. Kazenski zakonik pravi, da se, kdor s kršitvijo predpisov o varnosti železniškega prometa iz malomarnosti povzroči nesrečo, v kateri se kakšna oseba hudo telesno poškoduje, kaznuje z zaporom do petih let.
Kot je prepričana tožilka Anita Veternik, se je Ponikvar 26. avgusta 2011 kot strojevodja potniškega vlaka odločil za speljevanje z jeseniške železniške postaje brez dovoljenja in ob rdeči luči. Zato je čelno trčil v tovorni vlak, pri čemer se je poškodovalo 34 ljudi, od tega sedem težje. V trčenju pa je nastala tudi velika materialna škoda.
Ponikvar: Vlak bi se ustavil, če bi prevozil rdečo luč
Ponikvar je že na predobravnavnem naroku, ko mu je tožilstvo za priznanje krivde ponudilo znižano, enoletno zaporno kazen, trdil, da je nedolžen. Kot je pojasnil v svojem zagovoru, sta na semaforju goreli rumena in zelena luč, kar pomeni "omejena hitrost, pričakuj prosto". Zato je ob 14.35, ki je bila predvidena ura odhoda vlaka, speljal. Če bi res prevozil rdečo luč, bi se vlak začel zaradi tehnične varovalke samodejno ustavljati, kar pa se ni zgodilo, je poudaril.
Ob današnjem začetku sojenja je sodnica Andrijana Ahačič zaslišala sprevodnika na potniškem vlaku in dve strojevodji, ki so omenili možnost, da bi nesreči lahko botrovala tehnična napaka. Spregovoril je tudi Boštjan Miklavčič, ki je bil član komisije, ki je preučevala nesrečo.
V notranji preiskavi je bila namreč ugotovljena Ponikvarjeva krivda, Miklavčič pa je podal ločeno mnenje, saj je prepričan, da ni materialnih dokazov, da je Ponikvar prevozil rdečo luč. V času nesreče namreč ni bilo snemanja pogovorov, prav tako ni deloval registrofon, ki zapisuje postavljanje prog.
Ponikvarjev zagovornik Franc Rojko iz Odvetniške družbe Matoz je poudaril, da "dejansko ni dokazov, da je Ponikvar prepeljal rdečo luč". Tudi Slovenske železnice so disciplinski postopek ustavile in Ponikvar je še vedno zaposlen pri njih, vendar ne vozi več vlaka.
