Leži v depresiji, zato je ob suši njegova vodna gladina komaj tri metre in pol nad morjem, ob močnem deževju pa seže celo šest metrov visoko. Običajno se polje ojezeri v času močnejših pomladanskih in jesenskih padavin, sicer pa je, z izjemo osrednje rečne žile in mlak, suho.
Na kraškem polju oziroma jezeru, ki je s sosednjim Prelosnim jezerom edino presihajoče kraško jezero na ozemlju Italije, je pet estavel, ki se obnašajo padavinskim razmeram primerno, torej požirajo ali bruhajo vodo. Ta v sušnih obdobjih priteka predvsem podzemno iz Soče in v manjši meri iz Vipave, ob visokih vodah pa tudi iz Timava.
Vode, ki poniknejo v Doberdobskem jezeru, podzemno tečejo v Prelosno jezero in od tam v Sabliško močvirje ter – spet podzemno – proti morju oziroma izvirom Timava. Nekdaj so v Doberdobskem jezeru lovili ribe in ga redno čistili, danes pa je v fazi zaraščanja. Razen po geomorfološki in hidrološki strani izstopa tudi po rastlinstvu in živalstvu; v njegovem podzemlju med drugim živi močeril. Zato ne preseneča, da je območje zavarovano kot Deželni naravni rezervat Doberdobsko in Prelosno jezero.
Izhodišče za ogled je Sprejemni center Gradina na istoimenski vzpetini, kamor se pripeljemo iz središča Doberdoba. Pozimi je odprt ob sobotah, nedeljah in praznikih od 10.00 do 18.00. V centru je zgodovinsko-naravoslovni muzej z interaktivno predstavitvijo naravnih, zgodovinskih in kulturnih značilnosti Krasa; posebej podrobno je predstavljeno presihajoče Doberdobsko jezero. V sklopu centra so tudi prenočišča in okrepčevalnica.
Tu si preskrbimo zloženko Gradina in brošuro Deželni naravni rezervat Doberdobskega in Prelosnega jezera, ki sta poleg izletniške karte Carso Triestino e Isontino (1 : 25.000, založba Tabacco, št. 47) zelo dobrodošli med raziskovalnimi sprehodi po naravnem rezervatu.
