Puglisi je prva žrtev mafije, ki jo je Vatikan razglasil za "mučenca vere". Beatifikacija je sicer prvi korak na poti do razglasitve svetništva.
Ustrelili so ga 15. septembra 1993, prav na njegov 56. rojstni dan, ko se je vračal domov. Sprva je mislil, da ga želijo štirje moški oropati, ko pa je dojel, kdo so, naj bi dejal: "Čakal sem vas."
Dva od napadalcev so ujeli in sta bila obsojena na dosmrtno ječo. Kasneje sta postala mafijska skesanca in sta postala ključni priči v procesih, s katerimi so za zapahe spravili vrsto mafijcev.
Uboj so naročili tedanji botri četrti Brancaccio, ki so bili jezni, ker je duhovnik mlade odvračal od kriminala in je bil javno kritičen do mafije.
Uboj duhovnika je zlasti pretresel lokalno okolje, v katerem je bilo običajno, da gangsterji obiskujejo maše ter pogosto celo darujejo lokalni cerkvi. "Nekateri duhovniki so sodelovali z mafijo, drugi, kot Puglisi, so se proti njej borili," je dejal župan Palerma Leoluca Orlando.
"Njegovo mučeništvo je znak dokončnega razkola med Biblijo in mafijo oziroma drugimi kriminalnimi združbami," pa je poudaril pobudnik beatifikacije, nadškof Palerma Vincenzo Bertolone.
Puglisijev brat Gaetano pa kljub današnji beatifikaciji ni potolažen in je nedavno dejal, da bi brata raje videl živega kot beatificiranega. "Cerkev ga je zdaj beatificirala, ko je potreboval pomoč, pa je ni dobil od nikogar," je zapisal v nedavno objavljeni knjigi.