Računsko sodišče je od Jak zahtevalo predložitev odzivnega poročila, v katerem mora izkazati odpravo nepravilnosti in nesmotrnosti, in ji podalo priporočila za izboljšanje poslovanja.
V revizijskem poročilu je računsko sodišče med drugim ugotovilo, da je Jak članom strokovnih komisij agencije izplačala za 40.844 evrov nagrad, ne da bi pridobila pisno poročilo o opravljenem delu in individualna pisna strokovna mnenja o prijavljenih kulturnih programih in projektih, poleg tega jim je agencija izplačala povračilo potnih stroškov, za kar ni bilo pravnih podlag.
Jak prav tako z izvajalci ni sklenil pogodb o izvedbi storitev oziroma ni izdala naročilnic pred izvedbo storitev v vrednosti 5783 evrov. Agencija je po oceni računskega sodišča obenem nepravilno izvedla postopke oddaje naročil za nabavo osnovnih sredstev in storitev v vrednosti najmanj 33.371 evrov. Predsednici sveta Jak pa je za pot v Berlin Jak plačala stroške letalske karte, prevoza na letališče, namestitve in prehrane v skupnem znesku 1281 evrov, za kar ni imela pravne podlage.
Jak je po mnenju računskega sodišča tudi nepravilno izvedel postopke oddaje naročil za nabavo osnovnih sredstev in storitev v vrednosti najmanj 33.371 evrov ter plačala storitve v skupnem znesku 8100 evrov, ne da bi razpolagal z dokazili, da so bile te izvedene. Sporna je tudi sklenitev pogodbe za pravne storitve, za katere je agencija že imela sklenjeno pogodbo z drugim izvajalcem, pri čemer so neupravičeni stroški znašali 5533 evrov. Računsko sodišče je ugotovilo še nekaj nepravilnosti Jak v vrednosti nekaj sto evrov.
Pri izvajanju nalog s področja knjige v letih 2020 in 2021 pa je bil Jak po mnenju računskega sodišča delno uspešen. Računsko sodišče je tudi ugotovilo, da Jak ni bila transparentna pri kriterijih za izbor in število knjig, ki jih sofinancira Jak, ter pri dodeljevanju sredstev.
Računsko sodišče je med drugim tudi ugotovilo, da agencija v programu dela in finančnem načrtu za leto 2021, ob zagotovitvi sredstev iz evropske kohezijske politike za izvedbo projekta udeležbe Slovenije kot častne gostje na knjižnem sejmu v Frankfurtu v letu 2023, ni opredelila dodatnih aktivnosti in kazalnikov za merjenje doseganja želenih rezultatov.
Po ugotovitvah računskega sodišča agencija tudi ni bila uspešna pri nadziranju izvajanja obveznosti prejemnikov sredstev in namenske porabe sredstev, saj je plačala vsaj 63.010 evrov za stroške, ki se niso nanašali na programe oziroma projekte, sprejete v sofinanciranje, oziroma iz dokazil ni izhajalo, da se nanašajo na upravičene stroške teh programov oziroma projektov.
V letih 2020 in 2021 so bili na čelu Jak kar trije vodilni predstavniki. Od januarja 2018 do novembra 2020 je Jak vodila Renata Zamida. Po njeni razrešitvi novembra 2020 jo je kot v. d. direktorja Jak nasledil Sebastjan Eržen. Tega je maja 2021 nasledil Dimitrij Rupel, ki je nato odstopil oktobra 2022. Novembra 2022 je vodenje Jak kot v. d. direktorice prevzela Katja Stergar, ki je bila aprila letos imenovana za polni mandat na čelu Jak.