Duhovnik naj bi psihološko in seksualno zlorabljal redovnice ljubljanske skupnosti Loyola in sicer v zgodnjih 90. let minulega stoletja. Kasneje je primer dobil večje razsežnosti, saj naj bi bilo zlorab še več.
Dejanja, uperjena tako proti ženskam kot moškim, naj bi zakrivil med sredino 80. let prejšnjega stoletja in letom 2018. Zaradi obtožb mu je Cerkev prepovedala vse oblike javnega duhovniškega udejstvovanja in druge javne nastope ter tudi vse oblike javnega umetniškega izraza, česar pa se Rupnik, vključno s Cerkvijo, ni držal, saj je v času prepovedi po nekaterih informacijah vseeno maševal in vodil predavanja.
Ljubljančan podari mozaik
Zaradi obtožb se javnost sprašuje, kako naj gleda na njegove številne, zelo slavne in cenjene stvaritve. Nekateri so mnenja, da bi morali njegova dela celo odstraniti iz cerkva, drugi menijo, da dejanja osebe ne vplivajo na vrednost umetnine same.
Na spletnih oglasih mestih je zaznati več njegovih umetniških del, ki jih njihovi lastniki oddajajo brezplačno. Med njimi mozaik Marije z Jezusom v lasti Ljubljančana, ki za to, da se ga "znebi", ne bi niti računal. Pred afero bi njegova dela, vključno s tem, gotovo dosegala zelo visoke vrednosti.
