Abu Bakar Bashir za mnoge velja kar za glavnega načrtovalca bombnih napadov na Baliju, v katerih sta leta 2002 umrli 202 osebi, še 209 jih je bilo ranjenih. Odsedel je 9 od 15 let zaporne kazni, na katero je bil obsojen zaradi vzpostavitve baze za urjenje paravojaške skupine islamistov v indonezijski provinci Aceh. Posamezni člani te skupine naj bi načrtovali vse od atentata na takratnega predsednika države do destabilizacije gospodarstva.
Bil je ustanovitelj in glavni ideolog skupine Jemaah Islamiyah. Leta 2014, ko je že sedel v svoji zaporniški celici, je domnevno prisegel tudi zvestobo islamski državi. Obsodili so ga sicer tudi zaradi sodelovanja v napadih na Baliju, a je vrhovno sodišče obsodbo pozneje razveljavilo. Marca 2018 so v kabinetu takratne avstralske zunanje ministrice Julie Bishop – v napadih na Baliju je namreč umrlo kar 88 avstralskih državljanov – zapisali, da je bil Bashir »glavni načrtovalec« teh napadov. V kabinetu so še izrazili pričakovanje, da bo Bashir »v skladu z indonezijsko zakonodajo kazen, na katero je bil obsojen, odsedel v celoti.« »Abu Bakarju Bashirju nikoli več ne bi smelo biti omogočeno, da bi druge spodbujal k nadaljnjim napadom na nedolžne civiliste,« so še zapisali. Pogojni odpust se v skladu z indonezijsko zakonodajo sicer lahko odobri zaporniku, ki je odsedel dve tretjini svoje kazni. Abu Bakar Bashir je zdaj svoboden človek.
