Špegelj je namreč podpiral hrvaško-slovenski dogovor o skupni obrambi Hrvaške in Slovenije in si prizadeval za napade na objekte JLA na Hrvaškem, medtem ko je potekala vojna v Sloveniji.
V več intervjujih je pozneje poudaril, da je Tuđman takrat izdal Slovenijo. Njegovi kritiki pa so trdili, da Hrvaška ni bila pripravljena za tovrstne vojaške operacije. Špegelj je bil drugi hrvaški obrambni minister in je po prevzemu dolžnosti avgusta 1990 začel nabavljati orožje za Hrvaško na črnem trgu.
Iz teh časov je znan videoposnetek, ki ga je pripravila jugoslovanska vojaška obveščevalna služba. Ta je posnela pogovor svojih podtaknjenih agentov in Špeglja o nakupu in tihotapljenju orožja z Madžarskega na Hrvaško.
Velja tudi za soustanovitelja sodobnih hrvaških oboroženih sil, ker je bil nekaj časa poveljnik ZNG, iz katere se je razvila hrvaška vojska. S položaja poveljnika ZNG ga je Tuđman sicer odstavil, jeseni leta 1991 pa ga je imenoval za glavnega inšpektorja hrvaške vojske. Inšpekcijske naloge je opravljal do upokojitve konec leta 1992.
