Tam je sprva obiskoval gimnazijo, nato pa se je leta 1971 odločil za miličniško šolo v Tacnu, ki pa jo je prekinil po devetih mesecih. Potem se je odločil za študentsko pot na zdajšnji Fakulteti za družbene vede v Ljubljani, takratni FSPN.
Med leti 1975 in 1979 je bil urednik legendarnega študentskega časopisa Tribuna. V obdobju 1980 in 1984 pa tudi glavni in odgovorni urednik založbe Krt, ki jo je ustanovil sam. Kasneje je dve leti urednikoval tudi Časopisu za kritiko znanosti (ČKZ). Leta 1981 se je zaposlil v ZSMS.
Pri ČKZ sta se spoznala z Janšo in skupaj izdala knjigo o Stanetu Kavčiču. Njuno sodelovanje se je nadaljevalo prek Odbora za varstvo človekovih pravic, ki mu je predsedoval Bavčar. Šestnajstega maja 1990 je postal prvi minister za notranje zadeve v vladi pod vodstvom Lojzeta Peterleta (v začetku še z nazivom republiški sekretar). Takrat je tudi koordiniral in usmerjal delo policijskih sil za časa vojne.
Bavčar velja za navdušenega lovca in ribiča, zato ne preseneča, da je enega izmed svojih vikendov postavil v bližini gozda in porečja reke Ljubljanice. Med letoma 1992 in 1996 je bil poslanec ter je pomagal pri vključitvi svoje Demokratske stranke v LDS. Leta 1997 je za pet let postal minister za evropske zadeve, leta 2002 je postal predsednik uprave Istrabenza, kar verjetno danes obžaluje, čeprav si je v tem času ustvaril bogastvo.