Časnik Dnevnik je sicer poročal, da je bil nekdanji predsednik vlade skoraj na dnevni ravni vpet v poslovanje NKBM, kar pa so v SDS zanikali. Med drugim časnik izpostavlja, da se je Kovačič v elektronski pošti 2. maja 2005 Janši zahvalil za izkazano zaupanje, tri dni zatem pa ga je nadzorni svet NKBM imenoval za novega predsednika uprave: »Najprej se vam zahvaljujem za do sedaj izkazano zaupanje, in verjamem, da ga bom (....), v skladu z vašo podporo tudi v bodoče v polni meri uresničil.«
Tako se začne elektronsko sporočilo, ki ga je 2. maja 2005 Kovačič napisal Janši na strankarski, torej naslov SDS. Nadaljevanje ne pušča dvomov, Kovačič čaka samo še na končni Janšev da. »Predsednik NS Špiletič se strinja z mojim predlogom (o imenovanju Manje Skernišak za članico uprave, op. p.), kot je bilo že enkrat dogovorjeno pri vas v kabinetu, a me je napotil še enkrat na vas, da si zagotovim zaključno potrditev tudi od vas. V kolikor se boste strinjali, ne vidim zadržkov, da ne bi imenovanja izpeljali v skladu s predlogom na četrtkovi seji,« je zapisal Kovačič.
Apolitična uprava
V istem sporočilu je Kovačič Janši poslal še CV Skernišakove in jo predlagal za članico uprave. Pojasnil mu je, zakaj bi bila kot tandem prepričljiva tudi na zunaj: »… in popolnoma apolitična uprava (nobeden ni član nobene stranke). Prav nobeden ne bo mogel očitati političnosti imenovanja uprave NKBM, saj bo sestavljena iz ljudi, ki prihajajo iz banke.«
Verjel je, »da bomo uspešno izpeljali Projekt NKBM, kot sem ga predstavil v razvojni zamisli«, ga navaja nacionalni medij.
Komunikacija, objavljena v medijih, je po Kovačičevem mnenju iztrgana iz konteksta in nezakonito objavljena. O vsebini komunikacije nekdanji predsednik uprave NKBM ne želi razpravljati, v odzivu za STA pa je dejal, da o inkriminiranih poslih ni obveščal tedanjega predsednika vlade Janeza Janšo, »kakor tudi nisem drugače usklajeval konkretnih dejanj v tej zvezi«.
Med 12. decembrom 2008 in 7. decembrom 2011, ko je odstopil z mesta predsednika uprave, je imel Kovačič po lastnih navedbah pri predstavnikih vlade in tedanjem predsedniku republike Danilu Türku 91 formalnih sestankov in srečanj glede poslovanja banke.
V teh treh letih se je, kot je napisal, največkrat srečal s finančnim ministrom Francijem Križaničem (64 srečanj), nekajkrat manj pa s tedanjim predsednikom vlade Borutom Pahorjem (15 srečanj), tedanjima ministroma za razvoj Mitjem Gasparijem (šest srečanj) in za gospodarstvo Matejem Lahovnikom (štiri srečanja) ter Türkom (tri srečanja).
