Krek je leta 1884 v Ljubljani maturiral na Prvi državni gimnaziji. Po maturi je vstopil v ljubljansko bogoslovje. Leta 1888 je bil posvečen v duhovnika. Po posvetitvi ga je ljubljanski škof Jakob Missia poslal na višji teološki študij na Dunaj. Tam se je temeljito seznanil z mladim krščanskosocialnim gibanjem in se hkrati še izpopolnjeval v znanju tujih jezikov. Leta 1892 je končal študij z doktorsko tezo De spiritu et charactere s. Pauli apostoli.
Po končanem študiju je za kratek čas opravljal službo kaplana v Ribnici, že avgusta istega leta pa je postal stolni vikar v Ljubljani in od 1892. leta poučeval filozofijo kot prosti docent na ljubljanskem bogoslovju. Leta 1895 je tam zasedel novo ustanovljeno stolico za fundamentalno teologijo in tomistično filozofijo, ki jo je zasedal vse do upokojitve leta 1916.
Napisal je okoli 6000 časopisnih člankov, knjigo Črne bukve kmečkega stanu in okoli 600 strani obsegajoče delo Socializem.
Za državnozborskega poslanca je bil prvič izvoljen leta 1897, vendar ga delo v dunajskem parlamentu ni zadovoljilo, zato je oktobra 1900 odklonil ponovno kandidaturo, saj je menil, da je delo v domovini bolj potrebno. Leta 1901 je bil izvoljen v kranjski deželni zbor, katerega član je ostal po ponovnih izvolitvah v letih 1908 in 1913 vse do smrti.
Krek je bil nadarjen za pisanje in za znanstveno delo ter bi lahko pridobil ugledno mesto v slovenskem literarnem in znanstvenem svetu. Toda takšno kabinetno delo ni prijalo njegovi naravi. Bil je profesor v ljubljanskem bogoslovju, in to dober profesor, kakor so priznali vsi njegovi učenci. Pisal je razlago svetega pisma.
