Po sojenju so ga leta 2002 obsodili na 20 let zapora in ob izreku kazni je zavrnil terorizem. Televizija Fox News skupaj z nekaterimi politiki vodi kampanjo proti njegovi predčasni izpustitvi iz zapora, sodeluje pa tudi družina ubitega najemnika obveščevalne agencije Cia Johna Spanna.
Spann je zasliševal Lindha, ko je bil ta ujetnik Severnega zavezništva. Ko je v zaporu prišlo do upora talibanov, je bil Spann ubit, vendar pa je preiskava odkrila, da Lindh pri tem uporu ni sodeloval.
Sprva mu je grozila celo smrtna kazen, kasneje pa so večino točk obtožnice ovrgli in ga obsodili "le" na 20 let. Lindh se je kot najstnik iz Kalifornije navdušil nad islamskimi skrajneži pod vodstvom šefa Al Kaide Osame bin Ladna in se je boril z njimi in talibani v Afganistanu še pred terorističnimi napadi v ZDA 11. septembra 2001.
Na njegovo nesrečo so se ZDA odločile, da napadejo Afganistan, kjer so talibani ščitili pripadnike Al Kaide, ki so izvedli napade v ZDA, in je bil ujet. Ker je Američan, ga niso poslali v Guantanamo, ampak pred ameriško sodišče, kjer je imel srečo, da ga v napetem času po 11. septembru 2001 ni doletela smrtna kazen.
Priznal napako, a še vedno prevaja nasilna besedila skrajnežev
Ob izreku kazni je obsodil vse vrste terorizma in priznal, da je naredil napako, ko se je pridružil talibanom. Vendar pa v poročilu Nacionalnega protiterorističnega centra iz leta 2017, ki je ušlo v javnost, piše, da Lindh od maja 2016 naprej spet zagovarja globalno sveto vojno in prevaja nasilna besedila skrajnežev.
