Trajkovski je bil 26. februarja 2004 na poti na mednarodno investicijsko konferenco za Bosno in Hercegovino v Mostarju, ko se je vladno letalo praktično tik pred pristankom v gosti megli zrušilo. Preživelih ni bilo. Prva preiskava oblasti BiH in Makedonije je pokazala, da naj bi bil za strmoglavljenje kriv pilot, ki "je odstopil od procedure za pristajanje, potem ko je predhodno kontrolo poleta obvestil, da jo sprejema". A pred dvema letoma so makedonske oblasti zahtevale novo, mednarodno preiskavo, ki je zdaj pripravila prvo poročilo. Predsednik te mednarodne komisije Omer Kulić ga je zdaj predal vladi v Skopju, ki bo imela 20 dni za posredovanje pripomb. Nato naj bi bilo objavljeno končno poročilo, poroča srbska tiskovna agencija Beta. Makedonski Vest pa je danes ob sklicevanju na neuradne vire že poročal o vsebini poročila in sicer da je "osem oseb, ki so bile v letalu v trenutku nesreče na letalu, izgubilo življenje zaradi eksplozije". Ta je povzročila požar in smrtonosne opekline in zadušitev žrtev. Le eden od telesnih stražarjev Trajkovskega je življenje izgubil "zaradi padca in udarcev, potem ko je zaradi eksplozije padel iz letala".
NI jasno, kaj je povzročilo eksplozijo
Kulić o vsebini poročila uradno ni povedal nič, tako ni jasno, kaj naj bi povzročilo eksplozijo. Je pa pojasnil, da bodo v končnem poročilu predstavili posnetek celotnega poleta, vključno z avtentičnimi pogovori iz pilotske kabine, poroča srbska tiskovna agencija Tanjug. Pojasnil je, da je komisija delala v več skupinah in da so v poročilu izrekli tudi mnenje, ali so bili upoštevani vsi postopki in standardi. Nekatere dele letala so pregledali tudi v forenzičnem centru v Nemčiji, za potrditev nekaterih ugotovitev pa so v Beogradu celo najeli enak tip letala, v kakršnem je umrl Trajkovski, je povedal Kulić in poudaril, da pritiskov na delo komisije ni bilo.