Njegovi majhni možgani so bili pripisani več boleznim, najpogosteje bolezenskemu stanju, imenovanem mikrocefalija. Po analizah površine lobanje, ki so jo opravljali znanstveniki po svetu, se zdi hipoteza, da je Homo floresiensis samosvoja vrsta, vse bolj verjetna.
Vendar to za zdaj še ni pomirilo polemičnih mnenj – gre za izumrlo vrsto človečnjaka ali za potomce Homo erectusa, ki se je na otoku Flores, kjer so bili najdeni ostanki, naselil pred milijon leti.
Nadalje nekateri domnevajo, da je lobanja pripadala sodobnemu človeku s posebno motnjo, kateri pripisujejo nenormalno majhne možgane in lobanjo.
