Hollywoodska zvezdnika sta si že dlje časa sovražno nastrojena, če gre verjeti Brendanu Tigheju, varnostniku in nekdanjemu pripadniku Scientološke cerkve, ki je v preteklosti varoval tudi Cruisa. Za hladno vojno med igralcema pa naj bi bil kriv sam vrhovni voditelj cerkve David Miscavige oziroma njegova naklonjenost, za katero se zvezdnika na vso moč pehata.
Tighe, čigar mati je domnevno še vedno visoka članica v Scientološki cerkvi, trdi, da je razmerje med Travolto in Cruisom »prežeto z ljubosumjem,« zavist pa da je poskočila v oblake leta 2008, ko je Cruise prejel medaljo svobode, najvišje odlikovanje v scientologiji.
»Nobena skrivnost ni, da se Cruise in Travolta prezirata. Travolta ni bil povabljen na Cruisovo poroko s Katie Holmes, to mi je povedalo vse, vendar vam lahko zagotovim, da Travolta Cruisa nikakor ne dojema kot nadrejenega,« je povedal za Daily Mail, medtem ko je v intervjuju za avstralski tabloid New Idea dejal, da je »Cruise edini zvezdnik z neposrednim dostopom do Miscavigea. Travolta ničesar ne dobi zastonj, nihče mu ne podarja absurdnih daril, kot so hangar za letalo, po naročilu izdelani motorji ali usluge, ki gredo prek vsake meje.« Na njegove navedbe se je odzvala tudi cerkev, ki pravi, da so njegove »trditve neutemeljene« in da je »nevernik, ki ga ženejo lastne zamere.«
