Inštitut za mikrobiologijo in imunologijo medicinske fakultete Univerze v Ljubljani je pri treh od 291 vzorcev iz osrednjeslovenske regije, ki so jih vključili v gensko sekvenciranje in so bili vzeti med 1. in 14. januarjem letos, dokazali vse specifične mutacije značilne za angleški sev, piše na njihovi spletni strani.
"Vsi trije vzorci pripadajo osebam, ki so imele pozitivno epidemiološko anamnezo za potencialni vnos angleškega seva v Slovenijo," so dodali.
V presejalno testiranje, ki ga opravljajo s sekvenciranjem oziroma z analizo sekvenc gena virusa, ne pa s posebnimi PCR testi, so izbrali 291 vzorcev s potrjeno okužbo na novi koronavirus oziroma 3,4 odstotka vseh pozitivnih vzorcev iz osrednjeslovenske regije v tem časovnem obdobju.
V treh vzorcih popolnih virusnih genomov so dokazali vse specifične mutacije značilne za angleški sev, medtem ko dodatnih mutacij, značilnih za južnoafriški ali brazilski sev, niso odkrili.
Ob tem so navedli, da raziskovalna skupina Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo nadaljuje z rednim dvotedenskim sistematičnim genomskim opredeljevanjem in spremljanjem epidemije covida-19 v Sloveniji.
Algoritem presejanja
Da bi redno in sistematično spremljali pojav in razvoj novih sevov, so v začetku oktobra lanskega leta razvili originalni algoritem presejanja virusih različic z metodo določanja nukleotidnih zaporedij (sekvenciranje), predvsem na delu genoma, ki kodira najpomembnejšo virusno beljakovino, to je beljakovino virusne bodice S.
Navedeni algoritem presejanja, ki temelji na sekvenciranju, omogoča hkratno zaznavo vseh znanih pomembnih mutacij, prisotnih v vseh znanih svetovnih različicah virusa z možnim večjim pandemijskim potencialom, kot tudi takojšnjo prilagoditev za presejanje novih klinično pomembnih mutacij, so še navedli.
Med marcem in majem so na inštitutu določili nukleotidno zaporedje skupno 106 celotnih genomov novega koronavirusa oziroma 7,2 odstotka od vseh pozitivnih vzorcev v Sloveniji. Slovenski virusni genomi iz spomladanskega vala so se uvrstili v osem različnih sevov.
V drugem epidemičnem valu so analizirali odstotek vseh s PCR testi potrjenih vzorcev v oktobru in novembru ter dva odstotka pozitivnih vzorcev v decembru. To skupno znaša 590 preiskovanih genomov, pri čemer pa v nobenem niso našli vseh mutacij, značilnih za tri trenutno najpomembnejše različice virusa, ki so bolj kužne.
