Boris Paternu se je rodil v Predgradu pri Črnomlju. Pri 15 letih se je s starši preselil v Kranj, kjer je leta 1946 maturiral. Kot gimnazijec je deloval v NOB. Leta 1951 je diplomiral na oddelku za slavistiko ljubljanske filozofske fakultete.
Kot asistent je leta 1960 doktoriral iz literarnih znanosti, leta 1966 postal izredni, leta 1972 še redni profesor za zgodovino slovenske književnosti. Upokojil se je leta 1994, ko mu je univerza podelila naziv zaslužnega profesorja. Leta 1979 je bil izvoljen za dopisnega, leta 1985 pa za rednega člana SAZU. Leta 1996 je postal ambasador Republike Slovenije v znanosti.
Opravljal je številne strokovno-organizacijske naloge, med drugim je od leta 1978 organiziral simpozije Obdobja v slovenskem jeziku, književnosti in kulturi. Bil je tudi sourednik Slavistične revije, član glavnega uredniškega odbora Enciklopedije Slovenija, urednik Obdobij ter član uredniškega odbora nove izdaje Brižinskih spomenikov.
Najprej se je ukvarjal s pripovedništvom 19. stoletja in začetki literarne kritike. Bil je organizator skupinskega dela Slovenska književnost 1945-1965 I, II s Francem Zadravcem, Matjažem Kmeclom, Helgo Glušič in Jožetom Koruzo. Realiziral je večletni projekt raziskav s študenti Slovensko pesništvo upora 1941-1945 v štirih knjigah. Del besedil je izšel v prevodih tudi v Nemčiji, Franciji in Italiji.
Temeljno problemsko pozornost je usmerjal k nastajanju literature kot osamosvajajoče se umetnosti, z estetsko funkcijo kot bistveno, v posebnih, močno zavrtih pogojih družbene in duhovne zgodovine Slovencev.
Glavno področje njegovega znanstvenega dela je bila slovenska književnost 18., 19. in 20. stoletja. Veliko se je ukvarjal s poezijo Franceta Prešerna, ki jo je predstavil tudi v italijanskem prostoru.
V svojih razpravah je obravnaval smeri in sloge slovenske književnosti od reformacije do sodobnosti. Veliko se je ukvarjal s poezijo Franceta Prešerna. Njegov prevod monografije France Prešeren: poeta sloveno 1800-1849 iz leta 1999 je poskrbel za večjo prepoznavnost Prešerna v Italiji.
Razprave in študije je objavljal v strokovnih glasilih po številnih evropskih državah, v Rusiji, ZDA in Avstraliji. Predaval je na 13 evropskih univerzah.