Čeprav Seehofer ostaja na čelu stranke, ne bo več vodil nemške zvezne dežele Bavarska. V prvi četrtini prihodnjega leta ga bo v skladu z dogovorom v stranki nasledil sedanji bavarski finančni minister Markus Söder. Tega naj bi za novega bavarskega ministrskega predsednika potrdili na kongresu CSU.
Seehofer v delitvi položajev predsednika stranke in ministrskega predsednika Bavarske vidi prelomnico. "Z današnjim dnem v CSU vstopamo v novo obdobje," je dejal in dolgoletnemu političnemu tekmecu Söderju obljubil, da bo z njim tesno sodeloval.
Seehofer je tudi pohvalil svojega naslednika, ker je že kot minister za Bavarsko "opravil odlično delo brez napak".
V CSU že dolgo poteka boj za prevlado, ki naj bi tudi prispeval k slabemu rezultatu stranke na septembrskih volitvah bundestaga. Po tem volilnem fiasku so se pritiski na Seehoferja, da se umakne vsaj z enega od dveh ključnih položajev, še okrepili.
Na septembrskih zveznih volitvah je CSU prejela rekordno nizkih 38,8 odstotka podpore, medtem ko je še leta 2013 prejela več kot 49 odstotkov. Pred tem je bila stranka vajena celo absolutne večine. Čeprav CSU nastopa le na Bavarskem, sta njen uspeh in podpora ključna za njeno večjo sestro, krščansko demokratsko unijo (CDU) nemške kanclerke Angele Merkel.