Pogačnik se je rodil leta 1932 v Mariboru, kjer je obiskoval gimnazijo in maturiral. Študiral je režijo na ljubljanski Akademiji za gledališče, radio, film in televizijo. Najprej se je ukvarjal s filmsko kritiko, kasneje pa se je uveljavil predvsem kot avtor izrazito kritičnih in angažiranih dokumentarnih del.
Režiral je blizu sto dokumentarcev in televizijskih filmov, med njimi Primer strogo zaupno, Na stranskem tiru, Jutrišnje Delo, Snaga je pol zdravja, Ko sem majhen bil in Cukrarna. Za svoje filme je v več kot 30-letni karieri prejel pomembna priznanja doma in v tujini, med drugim Prešernovo nagrado leta 1966 za kratka filma Naročeni ženin in Derby, srebrnega medveda v Berlinu za kratki film Tri etude iz leta 1971 ter beneškega srebrnega leva leta 1973 za film Sledim soncu.
Največji del njegovega opusa zavzemajo kratki filmi. Prvi celovečerec, Grajski biki po scenariju Primoža Kozaka, je posnel leta 1967. Film podaja nemirno mladostniško zgodbo, ki se dogaja v domu za vojne sirote. Do njegovega drugega celovečerca, družbenokritičnega filma Naš človek, je nato minilo 18 let. Zatem je leta 1989 posnel še celovečerec Kavarna Astoria, v katerem je podal ključni moment svojega rodnega Maribora.
Pogačnik je soustanovil Društvo slovenskih režiserjev in bil njegov častni član. Lani mu je društvo kot prvemu prejemniku podelilo Nagrado Franceta Štiglica za življenjsko delo na področju filmske in televizijske režije.
Bil je prejemnik nagrade Prešernovega sklada (1966), več priznanj Metoda Badjure in Badjurove nagrade Društva slovenskih filmskih ustvarjalcev za življenjsko delo (2005). Za življenjsko delo je leta 2005 prejel tudi zlati red za zasluge predsednika Republike Slovenije, so sporočili z društva.
