Kot prodekanja fakultete je Makovec Brenčičeva v letih 2009 do 2013 prejela 26.094 evrov bruto (13.977 evrov neto) dodatka za stalno pripravljenost. Del zneska, 3151 evrov neto, je vrnila, ko je v javnost prišla informacija, da je inšpektorat za javni sektor ugotovil, da so nekatere fakultete zaposlenih neupravičeno izplačevale omenjeni dodatek. Razliko med neto in bruto zneskom izplačila na podlagi regresnega zahtevka fakulteti sicer povrne finančna uprava.
Makovec Brenčičeva je bila tudi med prejemniki preveč izplačanih sejnin članom sveta in pritožbene komisije Nacionalne agencije RS za kakovost v visokem šolstvu, a je prepričana, da ji denarja ni treba vrniti, ker da za to ni podlage.
Računsko sodišče je namreč pri pregledu poslovanja Nakvisa za leto 2011 ugotovilo, da je agencija članom sveta in pritožbene komisije v nasprotju s predpisi izplačevala tako sejnine kot nadomestilo za delo na sejah in jim tako v letu 2011 neupravičeno izplačala nekaj manj kot 40.000 evrov. Po izračunu medijev je Makovec Brenčičeva kot predsednica sveta na ta način od aprila 2010 do aprila 2013 neupravičeno prejela okoli 19.000 evrov.
Direktorju, nato pa tudi svetu Nakvisa so revizorji naložili, da morata poskrbeti za vračilo denarja, a sklepa ne upoštevajo. Direktor Ivan Leban namreč trdi, da so si prejemniki ves izplačan denar zaslužili, pa tudi sicer da so imeli pravno podlago za vsa izplačila.
Računsko sodišče je pri reviziji tudi ugotovilo, da je Nakvis Makovec Brenčičevi v nasprotju s predpisi izplačal za 315 evrov potnih stroškov, ki pa jih je ministrica po izdaji poročila o reviziji leta 2014 vrnila.
Tako izplačevanje dodatka za stalno pripravljenost na fakultetah kot previsokih sejnin na Nakvisu preiskujeta policija in Komisija za preprečevanje korupcije.
